乙流属于流行性感冒，在连花清瘟胶囊的适用范围之内，感染乙流出现嗓子干疼等症状，可以服用该药缓解。
连花清瘟胶囊具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，其组方中的连翘、金银花、板蓝根、鱼腥草、甘草等多味药材具有清热解毒、利咽消肿的作用；薄荷脑不仅具有抗炎、镇痛等局部作用，还能够产生清凉感，提高咽喉的舒适度；红景天还有助于抗疲劳、增强机体免疫力，帮助身体尽快恢复。诸药协同起效，能够有效缓解乙流后嗓子干疼等不适，还能治疗感冒、流感引发的发热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛等多种症状。
药理研究也证实，连花清瘟胶囊具备广谱抗病毒、抑菌抗炎、调节机体免疫等药理作用，能够对甲型流感病毒（H1N1、H3N2）、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒等多种呼吸道病毒以及金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌等致病菌产生抑制效果，以减轻咽喉部位的炎症反应，缓解干疼不适感。
此外，刊登于《中国处方药》2016年第14卷第5期的Meta分析显示，连花清瘟胶囊能够缩短流感病毒核酸转阴时间，明显减少疾病的严重程度和咽痛、发热、咳嗽、乏力等症状的持续时间。且安全性较高，不含常见致嗜睡成分。
目前，连花清瘟胶囊已先后36次被列入《流行性感冒诊疗方案（2020年版）》《时行感冒（乙型流感）中医药防治方案（试行）》等流感诊疗方案或指南共识，证实该药已在临床获得广泛认可。