连花清瘟胶囊的适应症包含普通感冒、流行性感冒。当患者出现发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛等症状时，均可规范服用该药物。
连花清瘟胶囊组方以麻杏石甘汤、银翘散为基础方，汲取明代吴又可治疫病用大黄经验，还创新性加入芳香化湿护脾胃的广藿香和增强免疫固正气的红景天。全方结合了清热、解毒、辛温、通腑、芳化、扶正的药物，具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，能够有效缩短感冒、流感病程，促进人体康复，且不含常见致嗜睡成分。
基础研究也表明，连花清瘟胶囊具备广谱抗病毒、抑菌抗炎、退热、止咳、化痰、调节机体免疫等多重药理作用。此外，该药在治疗感冒、流感方面的疗效还获得多项临床研究的验证。
在治疗普通感冒方面，《中国实验方剂学杂志》2024年第30卷发表的临床研究显示，连花清瘟方可有效治疗感冒，能够缓解急性上呼吸道感染患者咽喉肿痛、发热、咳嗽、鼻塞等症状，抑制炎症因子水平，调节免疫功能，提高机体免疫力；
在治疗流行性感冒方面，刊登于《中国中药杂志》2017年第42卷第8期的研究结果也证实，连花清瘟胶囊治疗流行性感冒具有确切疗效，能够缩短发热、咽痛、肌肉酸痛等各类症状持续时间。
此外，连花清瘟胶囊先后36次被列入《甲型H1N1流感诊疗方案（2009年第3版）》等防治甲流、乙流等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识，为其临床应用提供了专业指导。