连花清瘟胶囊的主要功效为清瘟解毒、宣肺泄热，对于感冒、流感引发的咳嗽、咽干咽痛、鼻塞流涕等多种症状具备缓解作用，且不含常见致嗜睡成分。
从作用机制来看，连花清瘟组方中的炙麻黄、炒苦杏仁，具有宣肺降气、止咳平喘的功效；石膏清解肺热，针对热邪壅肺导致的咳嗽有清肺作用；连翘、金银花、鱼腥草、板蓝根等清热解毒药物，则可加强解毒之力，通过减轻呼吸道炎症反应间接缓解咳嗽；藿香以芳香化湿护脾胃，红景天则能够固护人体正气、增强人体免疫力；薄荷脑成分还能给咽部带来清凉感，缓解咳嗽引起的咽喉不适。
药理研究表明，连花清瘟胶囊具备广谱抗病毒、抑菌抗炎、止咳化痰、调节免疫等多重药理作用，既能对诱发呼吸道感染的流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、金黄色葡萄球菌、肺炎球菌等多种呼吸道病毒及致病菌起到抑制效果，以此改善咳嗽症状，还可以同步改善发热、恶寒、肌肉酸痛、咽痛、鼻塞流涕等感冒症状。
此外，在《中国实验方剂学杂志》2024年第30卷第17期发表的《肺疫证治规律探讨与连花清瘟组方新解》进一步证实，连花清瘟方可有效治疗感冒、流感，可缓解急性上呼吸道感染患者咳嗽、咽喉肿痛、发热、鼻塞等症状，抑制炎症因子水平，调节免疫功能，提高机体免疫力。
建议服药期间多饮用温水，如果咳嗽持续加重、伴随大量浓痰或者喘息，应当及时就医。