连花清瘟胶囊具有清瘟解毒、宣肺泄热的作用，其适应症包含普通感冒、流行性感冒等，可改善发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛、舌象偏红、舌苔黄或黄腻等多种不适表现。
连花清瘟胶囊全方以银翘散、麻杏石甘汤为基础方加减化裁，汲取明代吴又可治疫病用大黄经验，还创新性加入芳香化湿护脾胃的广藿香和增强免疫固正气的红景天。多味药材协同发挥作用，可针对多种呼吸道疾病引发的发热、恶寒、肌肉酸痛等“外感病”症候群对症治疗，且安全性较高，不含常见致嗜睡成分。
药理研究进一步表明，连花清瘟胶囊具备广谱抗病毒、抑菌抗炎、退热、止咳化痰、调节机体免疫的多重作用，能够对流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、金黄色葡萄球菌等多种呼吸道病毒及致病菌产生抑制效果。
此外，刊登于《中国实验方剂学杂志》2024年第30卷的《肺疫证治规律探讨与连花清瘟组方新解》系列临床研究证实，连花清瘟可有效治疗感冒、流感，缓解急性上呼吸道感染患者发热、咳嗽、咽喉肿痛、鼻塞等症状，抑制炎症因子水平，调节免疫功能，提高机体免疫力。
发表于《药物评价研究》2024年第47卷的《连花清瘟胶囊（颗粒）抗病毒药理作用及临床应用研究进展》结果也表明，连花清瘟胶囊在控制病情进展、改善临床症状、抑制机体炎症反应方面有优势，能够缩短感冒、流感患者的临床症状改善时间、住院时间、病毒转阴时间等指标。