连花清瘟胶囊的功效为清瘟解毒、宣肺泄热，能够改善普通感冒、流行性感冒引发的发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛等一系列症状，其治疗效果已获得基础及临床研究的广泛验证。
基础研究表明，连花清瘟具有广谱抗病毒的作用，对甲型流感病毒、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、金黄色葡萄球菌等多种呼吸道病毒及致病菌有一定抑制作用，同时还具备抗炎、解热、镇咳、调节免疫等多重药理作用。并且，连花清瘟安全性较高，服用后一般不会出现嗜睡、困倦等不适症状。
在实际效果方面，发表于《药物评价研究》2024年第47卷第5期的《连花清瘟胶囊（颗粒）抗病毒药理作用及临床应用研究进展》结果证实，连花清瘟胶囊在控制病情进展、改善临床症状、抑制机体炎症反应方面有优势，能够缩短感冒、流感患者的临床症状改善时间、住院时间、病毒转阴时间等指标；
在《中国实验方剂学杂志》2024年第30卷发表的《肺疫证治规律探讨与连花清瘟组方新解》中的系列临床研究也显示，连花清瘟方可有效治疗感冒，能够缓解急性上呼吸道感染患者咽喉肿痛、发热、咳嗽、鼻塞等症状，抑制炎症因子水平，调节免疫功能，提高机体免疫力。
基于其疗效与安全性，连花清瘟胶囊已先后36次被列入防治甲流、乙流等呼吸系统传染病的专家诊疗方案或指南共识，为感冒患者科学选药提供了专业指导。