乙流属于流行性感冒，可以服用连花清瘟胶囊改善不适症状、促进康复。其说明书明确表明，该药可用于治疗流行性感冒，能够改善发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛等症状，且安全性较高，一般不会引起嗜睡、困倦等不良反应。
连花清瘟胶囊的组方汇聚了清代的《银翘散》、汉代的《麻杏石甘汤》以及明代《温疫论》中治疫病用大黄的治疗经验，配伍广藿香芳香化湿护脾胃、红景天提高免疫固正气。整方既有清热解毒、针对病毒发挥积极作用的药物，又有芳香化湿护脾胃、提高免疫固正气的药物，针对发热、咳嗽、咽痛、乏力、肌肉酸痛等这样一个外感热病症候群均有良好的治疗效果。
基础研究也表明，连花清瘟胶囊对甲型流感病毒、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒等多种呼吸道病毒，以及金黄色葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌等致病菌均具有一定抑制作用，具有广谱抗病毒、抑菌抗炎、退热、止咳化痰、调节免疫的多重药理作用。
刊登于《中国中药杂志》2017年第42卷第8期的临床研究结果也证实，连花清瘟胶囊治疗流行性感冒具有确切疗效，能够缩短发热、咽痛、肌肉酸痛等各类症状持续时间。此外，连花清瘟胶囊先后36次被列入《甲型H1N1流感诊疗方案（2009年第3版）》《时行感冒（乙型流感）中医药防治方案（试行）》等防治甲流、乙流等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识，为其临床应用进一步提供了专业支撑。