连花清瘟胶囊的核心功效为清瘟解毒、宣肺泄热，主要适应症是普通感冒、流行性感冒、新型冠状病毒感染等，具体包括发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛，同时舌象偏红、舌苔黄或黄腻等症状。
据了解，连花清瘟组方以《伤寒论》麻杏石甘汤、《温病条辨》银翘散为基础方，借鉴明代治疫病使用大黄的用药思路，创新配伍红景天调节机体免疫、广藿香芳香化湿护脾胃，实现祛邪与扶正兼顾，能够缓解不适症状，帮助身体更快恢复元气，且药性温和，安全性较高，服用后一般不会引起嗜睡、犯困。
药效学研究也表明，连花清瘟胶囊具备广谱抗病毒、抑菌抗炎、退热止咳化痰、调节免疫多重药理作用，对甲、乙型流感病毒、新型冠状病毒、呼吸道合胞病毒以及部分呼吸道致病菌均可产生抑制效果。并且，其疗效已获得多项临床研究的证实：
在《医药导报》2008年第27卷第11期发表的研究结果显示，连花清瘟胶囊治疗感冒等上呼吸道感染患者疗效可靠，可改善发热、头痛等症状；刊登于《中国中药杂志》2017年第42卷第8期的临床研究表明，连花清瘟胶囊治疗流行性感冒具有一定的疗效，且安全性较高。
另外，由我国20余家医院共同参与的《连花清瘟治疗新型冠状病毒肺炎前瞻性随机对照多中心临床研究》证实，连花清瘟组可以改善患者发热、乏力、咳嗽等临床症状，缩短症状的持续时间，改善肺部的炎症，提高临床治愈率19%、降低转重症率50%。