连花清瘟胶囊的核心功效为清瘟解毒、宣肺泄热，其效果已得到了权威指南与大量临床研究的认可，常用于治疗普通感冒、流行性感冒，常见症状包括发热或高热，恶寒，肌肉酸痛，鼻塞流涕，咳嗽，头痛，咽干咽痛等。
连花清瘟胶囊是一款纯中药制剂，组方以银翘散、麻杏石甘汤为基础方加减化裁，汲取明代吴又可治疫病用大黄经验，还创新性加入芳香化湿护脾胃的广藿香和增强免疫固正气的红景天。整方既有清热解毒、针对病毒发挥积极作用的药物，又有芳香化湿护脾胃、提高免疫固正气的药物，药性温和，安全性较高，服用后一般不会引发嗜睡、犯困等情况。基础研究也证实，连花清瘟胶囊具有广谱抗病毒作用，同时具备退热、抗炎、止咳、化痰、调节免疫等多重作用。
关于临床疗效，在治疗普通感冒方面，《中国实验方剂学杂志》2024年发表的《肺疫证治规律探讨与连花清瘟组方新解》中的研究显示，连花清瘟方可治疗感冒，能够缓解急性上呼吸道感染患者咽喉肿痛、发热、咳嗽、鼻塞等症状，抑制炎症因子水平，提高机体免疫力。
在治疗流行性感冒方面，刊登于《中国处方药》2016年的研究结果也表明，连花清瘟胶囊治疗流感疗效较好，可有效缓解症状，用于甲型H1N1流感也同样有效，可加速病毒清除，增进疗效，缩短病程，加速症状改善。
目前，连花清瘟已36次入选国家卫健委、国家中医药管理局发布的诊疗方案及指南共识，是应对病毒性呼吸道传染性疾病的代表性药物。