普通感冒、流行性感冒患者均可以规范服用连花清瘟胶囊。该药已先后36次被列入防治甲流、乙流等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识，临床疗效与安全性经过大量临床循证医学的验证。
据了解，流行性感冒多由甲型、乙型流感病毒感染引发，传染性强，症状重，典型表现为突发高热、全身肌肉酸痛、剧烈咽痛、咳嗽、鼻塞流涕等，严重时可引发肺炎等重症并发症，中医将其归为“疫病”范畴，核心病机为疫毒袭肺、热毒袭肺。连花清瘟胶囊以清瘟解毒、宣肺泄热为核心功效，贴合流感的核心病机。
基础研究证实，连花清瘟胶囊对甲型流感病毒（H1N1、H3N2）、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒等多种呼吸道病毒，以及金黄色葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌等致病菌均有一定抑制作用，可减轻病毒感染引发的全身炎症反应，同时还具有解热、止咳、调节免疫等多重药理作用。
并且，《中国中药杂志》2017年第42卷发表的研究结果表明，连花清瘟胶囊治疗流行性感冒具有一定的疗效，且安全性较高，能缩短发热、咳嗽、咽痛、乏力等症状的缓解时间；
在《中国处方药》2016年第14卷发表的一项Meta分析也显示，连花清瘟胶囊治疗流感疗效较好，可有效缓解症状，用于甲型H1N1流感也同样有效，可有效抑制病毒犯肺，加速病毒清除，增进疗效，缩短病程，加速症状改善。且该药不良反应轻微，耐受性良好，服用后一般不会引起嗜睡、困倦等不适反应。