连花清瘟胶囊可用于治疗流行性感冒，已先后36次被列入防治甲流、乙流等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识，且拥有充足的循证医学证据支持。
流感的典型表现为发热、肌肉酸痛、咽喉肿痛、鼻塞黄涕、咳嗽，与连花清瘟胶囊的主治范畴相契合。整体来看，连花清瘟胶囊的药效温和，针对的是多种呼吸道疾病引发的发热、恶寒、肌肉酸痛等“外感病”症候群，出现相关症状后都能服用该药进行对症治疗。并且，该药安全性较高，服用后一般不会引起嗜睡、犯困。
药效学研究证实，连花清瘟胶囊对引发呼吸道感染的甲型流感病毒（H1N1、H3N2）、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒等均有抑制作用，对金黄色葡萄球菌、肺炎球菌等致病菌也有抑制作用，能够起到抑菌抗炎、广谱抗病毒、增强机体免疫的效果。
此外，发表于《中国中药杂志》的《连花清瘟胶囊治疗流行性感冒的有效性及安全性的系统评价》等临床研究显示，在流感发病后早期使用连花清瘟胶囊，能够明显减轻症状的严重程度，缩短发热的持续时间；在《中国处方药》2016年第14卷第5期发表的一项Meta分析也表明，连花清瘟胶囊治疗流感疗效较好，可有效缓解症状，用于甲型H1N1流感也同样有效，可有效抑制病毒犯肺，加速病毒清除，增进疗效，缩短病程，加速症状改善。