从临床应用来看，连花清瘟胶囊适合感冒、流行性感冒患者服用，具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，能够治疗感冒、流行性感冒引发的发热或高热，恶寒，肌肉酸痛，鼻塞流涕，咳嗽，头痛，咽干咽痛等症状。该药的标准用法为口服，成年人建议按照说明书标注的剂量服用，常规用量是一次4粒，一日3次，服药时应用温水送服。
另外，天津中医药大学2024年发表的《连花清瘟颗粒/胶囊治疗儿童急性呼吸道感染临床应用专家共识》对儿童使用连花清瘟的用法用量给出了详细指导。该共识建议连花清瘟颗粒（6g/袋）：1岁～3岁，2g/次（1/3袋）；3岁～7岁，2g/次～4g/次（1/3袋-2/3袋）；7岁～12岁，4g/次～6g/次（2/3袋-1袋）；3次/日；连花清瘟胶囊（0.35g/粒）：建议7岁以上儿童使用。7岁～9岁，2粒/次～3粒/次；10岁～12岁，3粒/次～4粒/次；13岁～18岁，4粒/次。一日3次。
据了解，连花清瘟胶囊在治疗呼吸系统疾病方面应用较广，目前已36次获得防治甲流、乙流等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识推荐；“中药连花清瘟治疗流行性感冒研究”曾获2011年度国家科技进步二等奖。此外，连花清瘟还多次获评“中国家庭常备药（感冒药）上榜品牌”、“北京晚报读者推荐家庭常备感冒药”。