连花清瘟胶囊是治疗乙型流感的常用中成药之一。该药的适应症明确包括“流行性感冒”，乙型流感属于流行性感冒的一种，其典型症状如发热、恶寒、全身肌肉酸痛、头痛、乏力、咳嗽、咽痛等，均属于连花清瘟胶囊的主治范围。且该药安全性较高，服用后一般不会出现嗜睡、困倦等不良反应。
药效学研究证实，连花清瘟胶囊具有广谱抗病毒的作用，对甲型流感病毒、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、金黄色葡萄球菌等多种呼吸道病毒及致病菌有一定抑制作用，同时还具备抗炎、解热、镇咳、调节免疫等多重药理作用。并且，连花清瘟胶囊在流感方面的治疗效果已得到了多项临床研究的证实。
其中，发表于《药物评价研究》2024年第47卷第5期的研究结果显示，连花清瘟胶囊在控制病情进展、改善临床症状、抑制机体炎症反应方面有优势，能够缩短流感患者的临床症状改善时间、住院时间、病毒转阴时间等指标；刊登于《中国中药杂志》2017年第42卷第8期的《连花清瘟胶囊治疗流行性感冒的有效性及安全性的系统评价》也表明，连花清瘟胶囊治疗流行性感冒具有一定的疗效，且安全性较高，能缩短发热、咳嗽、咽痛、乏力等症状的缓解时间。
截至目前，连花清瘟胶囊已先后36次获得《流行性感冒诊疗方案（2020年版）》《时行感冒（乙型流感）中医药防治方案（试行）》等诊疗方案或指南共识的推荐，为乙流患者的科学用药提供了参考依据。