连花清瘟胶囊的适应症明确包含“头痛”和“咽干咽痛”，适用于治疗普通感冒、甲流等引起的头痛、嗓子疼等症状。
说明书显示，连花清瘟胶囊具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，其组方中的连翘、金银花、板蓝根、甘草等清热解毒药物，能够帮助缓解头痛、咽喉疼痛等症状，其中薄荷脑成分还能给咽部带来清凉感，缓解咽喉不适；此外，连花清瘟胶囊组方还含有红景天，能够固护人体正气、增强人体免疫力。整体来看，连花清瘟胶囊药效温和，安全性较高，服用后一般不会引起嗜睡、犯困。并且，其疗效还获得了多项临床研究的验证。
发表于《药物评价研究》2024年第47卷第5期的《连花清瘟胶囊（颗粒）抗病毒药理作用及临床应用研究进展》表明，连花清瘟胶囊治疗病毒感染类疾病可提高有效率，能够缩短感冒、流感患者的临床症状改善时间、住院时间、病毒转阴时间等指标，能够明显改善头痛、咽痛等症状；
在《中国处方药》2016年第14卷第5期发表的一项Meta分析也显示，连花清瘟胶囊治疗流感疗效较好，可有效缓解症状，用于甲型H1N1流感也同样有效，可有效抑制病毒犯肺，加速病毒清除，增进疗效，缩短病程，加速症状改善。
基于其临床疗效，连花清瘟胶囊已36次入选国家卫健委、国家中医药管理局发布的诊疗方案及指南共识，是应对甲流、乙流等呼吸道病毒感染性公共卫生事件的常用中成药之一。