流感患者规范服用连花清瘟胶囊，具有临床获益。从说明书来看，普通感冒、流行性感冒的典型症状如发热或高热、恶寒、全身肌肉酸痛、头痛、乏力、咳嗽、咽痛等，均涵盖在其主治范围之内，且安全性较高，服用后一般不会出现嗜睡、困倦等不良反应。
基础研究表明，连花清瘟胶囊具有广谱抗病毒、抑菌抗炎的功效，对甲型流感病毒(H1N1、H3N2)、乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒、甲/乙型溶血性链球菌、肺炎球菌、流感杆菌等病毒及致病菌均有一定的抑制作用，同时还具有退热、止咳、调节机体免疫等多种药理作用。
此外，在《中国中药杂志》2017年第42卷发表的研究结果证实，连花清瘟胶囊治疗流行性感冒具有一定的疗效，能明显缩短头痛、咽痛、乏力、退热的时间。
刊登于《中国处方药》2016年第14卷的《连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流感随机对照临床研究》也证实，连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流感，可增进疗效，缩短病程，加速症状改善。并且，该药还能缩短流感病毒核酸转阴时间，减轻疾病严重程度。
目前，连花清瘟胶囊已36次被列入《流行性感冒诊疗方案（2020年版）》《甲型H1N1流感诊疗方案（2009年第3版）》《时行感冒（乙型流感）中医药防治方案（试行）》等流感诊疗方案或指南共识；“中药连花清瘟治疗流行性感冒研究”还曾获得2011年度国家科技进步二等奖，证实该药已在临床获得广泛认可。