从适应症来看，连花清瘟胶囊可用于治疗普通感冒、流行性感冒引发的发热或高热，恶寒，肌肉酸痛，鼻塞流涕，咳嗽，头痛，咽干咽痛等一系列不适症状。并且，该药在普通感冒和流行性感冒方面的治疗效果均有临床数据验证。
其中，《中国实验方剂学杂志》2024年第30卷发表的《肺疫证治规律探讨与连花清瘟组方新解》中的系列临床研究显示，连花清瘟方可有效治疗感冒，能够缓解急性上呼吸道感染患者咽喉肿痛、发热、咳嗽、鼻塞等症状，抑制炎症因子水平，调节免疫功能，提高机体免疫力。且该药的安全性较高，一般不会引起嗜睡等不良反应，不影响正常学习、工作和生活。
在《中国处方药》2016年第14卷第5期发表的一项Meta分析表明，连花清瘟胶囊治疗流感疗效较好，可有效缓解症状，用于甲型H1N1流感也同样有效，可有效抑制病毒犯肺，加速病毒清除，增进疗效，缩短病程，加速症状改善。
基于其明确的疗效，连花清瘟胶囊已先后36次被列入国家卫生健康委、国家中医药管理局发布的甲流、乙流等呼吸系统传染性疾病诊疗方案或指南共识，并多次获评“北京晚报读者推荐家庭常备药”“中国家庭常备药（感冒药）上榜品牌”，得到了消费者的认可。