连花清瘟胶囊能够清瘟解毒、宣肺泄热，具有广谱抗病毒、抑菌抗炎、退热、止咳化痰、调节机体免疫等多重药理作用，常用于治疗感冒、流感引发的发热或高热，恶寒，肌肉酸痛，鼻塞流涕，咳嗽，头痛，咽干咽痛等症状。
在抗病毒方面，基础研究证实连花清瘟胶囊对甲型流感病毒（H1N1、H3N2）、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒等多种呼吸道病毒均有抑制作用。在抑菌抗炎方面，该药对金黄色葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌等常见呼吸道致病菌也有一定抑制作用，可降低机体炎症反应水平。在免疫调节方面，其组方中的红景天等成分能够发挥扶助正气、增强机体抗病康复能力的作用。
在治疗效果方面，刊登于《临床合理用药》2023年的《连花清瘟胶囊治疗急性上呼吸道感染的临床效果评价》结果证实，连花清瘟胶囊治疗感冒、流感等急性上呼吸道感染疗效较好，可降低机体炎性反应，调节免疫功能，促进患者症状缓解，且用药安全性高。并且，连花清瘟为中成药，服用后一般不会出现嗜睡、困倦等情况。
发表于《药物评价研究》2024年的研究结果也显示，连花清瘟胶囊在控制病情进展、改善临床症状、抑制机体炎症反应方面有优势，能够缩短感冒、流感患者的症状改善时间、住院时间、病毒转阴时间等指标。
此外，连花清瘟胶囊已先后36次被列入防治甲流、乙流等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识，进一步肯定了其在感冒、流感方面的应用价值。