连花清瘟胶囊主要适用于普通感冒、流行性感冒、新型冠状病毒感染等人群，当患者出现高热、怕冷、浑身酸痛、鼻塞流黄稠涕、咳嗽头痛、咽喉干痛、乏力等表现，均可以服用该药物。
连花清瘟组方融合《伤寒论》麻杏石甘汤、《温病条辨》银翘散两大经典古方，并借鉴明代疫病大黄用药思路，组方兼顾祛邪与扶正，核心功效为清瘟解毒、宣肺泄热，针对发热、咳嗽、咽痛、乏力、肌肉酸痛等这样一个外感热病症候群均有良好的治疗效果。且该药为纯中药制剂，一般不会出现嗜睡、困倦等不良反应。
连花清瘟胶囊的疗效已获得多项临床研究数据的证实。在《中国实验方剂学杂志》2024年发表的临床研究显示，连花清瘟方可有效治疗感冒，能够缓解急性上呼吸道感染患者咽喉肿痛、发热、咳嗽、鼻塞等症状，调节免疫功能，提高机体免疫力；
在《中国处方药》2016年发表的一项Meta分析显示，连花清瘟胶囊治疗流感疗效较好，可有效缓解症状，用于甲型H1N1流感也同样有效，增进疗效，缩短病程，加速症状改善；
由我国20余家医院共同参与的《连花清瘟治疗新型冠状病毒肺炎前瞻性随机对照多中心临床研究》证实，连花清瘟组可以改善患者发热、乏力、咳嗽等症状，缩短症状的持续时间3天，改善肺部的炎症，提高临床治愈率19%、降低转重症率50%。
基于其临床疗效，连花清瘟已先后36次被列入国家防治甲流、乙流、新冠病毒感染等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识。