连花清瘟胶囊主要适用于普通感冒、流行性感冒引发的各种不适症状，具体包括：发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛、舌偏红、苔黄或黄腻等。
连花清瘟胶囊的组方汲取了历代名医治疗外感病的经验，以麻杏石甘汤和银翘散为基础，创新性加入芳香化湿、顾护脾胃的广藿香和清肺化瘀、扶补正气的红景天，共奏清瘟解毒、宣肺泄热的作用，可针对多种呼吸道疾病引发的发热、恶寒、肌肉酸痛等“外感病”症候群，进行对症治疗。
基础研究显示，连花清瘟胶囊具备广谱抗病毒、抑菌抗炎、退热、止咳、化痰、调节免疫等多种药理作用，对引发呼吸道感染的甲型流感病毒、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒等病毒，以及金黄色葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌等致病菌均有抑制作用。
此外，在《中国实验方剂学杂志》2024年第30卷第17期发表的《肺疫证治规律探讨与连花清瘟组方新解》证实，连花清瘟方可有效治疗感冒、流感，缓解急性上呼吸道感染患者发热、咳嗽、咽喉肿痛、鼻塞等症状，抑制炎症因子水平，调节免疫功能，提高机体免疫力。
目前，连花清瘟胶囊已36次入选《流行性感冒诊疗方案》《甲型 H1N1流感诊疗方案》等防治甲流、乙流等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识，并多次入选“北京晚报读者推荐家庭常备感冒药”。