连花清瘟胶囊对甲流引起的发热具有治疗效果，是临床较为常用的中成药之一。目前，该药物已36次被列入《流行性感冒诊疗方案（2020年版）》《甲型 H1N1流感诊疗方案（2009年第3版）》等防治甲流、乙流等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识。
据说明书显示，连花清瘟胶囊能够清瘟解毒、宣肺泄热，除发热外，还可用于治疗普通感冒、流行性感冒引发的恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛等症状。并且，该药为纯中药制剂，一般情况下不会引起嗜睡、困倦等不良反应
在治疗效果方面，据《中药药理与临床》2010年第26卷第6期发表的《连花清瘟胶囊的药理与临床研究进展》显示，连花清瘟胶囊在流感发病后早期使用，可以明显减轻症状的严重程度，既有较好的抗流感病毒的作用，又有抗菌、退热、镇痛、抗炎、止咳、化痰和调节免疫功能，能阻断多个病理环节的恶性循环，调动机体抗病康复能力，减少发热反复。
刊登于《中国处方药》2016年第14卷第5期的《连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流感的临床研究》结果也证实，连花清瘟胶囊治疗流感疗效较好，可有效缓解症状，用于甲型H1N1流感也同样有效，可有效抑制病毒犯肺，加速病毒清除，缩短流感病毒核酸转阴时间，减轻发热等症状持续时间。