连花清瘟胶囊可用于治疗普通感冒、流行性感冒，具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，能够改善发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛等症状。
连花清瘟胶囊治疗感冒、流感的效果，已得到临床研究的充分验证。药效学研究表明，连花清瘟具有广谱抗病毒、抑菌抗炎、调节免疫的作用，对引起普通感冒的副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒，引发流感的甲型流感病毒(H1N1、H3N2等)、乙型流病毒等多种病毒，以及金黄色葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌等致病菌均具有抑制作用。
并且，发表在《临床合理用药》2023年第16卷第25期的临床研究也表明，连花清瘟胶囊治疗感冒、流感等急性上呼吸道感染疗效较好，可降低机体炎性反应，调节免疫功能，促进患者症状缓解，用药安全性高，一般不会出现嗜睡、困倦的情况。
此外，连花清瘟胶囊已先后36次被列入国家卫生健康委员会、国家中医药管理局发布的各类传染性公共卫生事件诊疗方案或指南共识中，成为治疗甲流、乙流等病毒类呼吸系统传染病的代表性中成药；“中药连花清瘟治疗流行性感冒研究”曾获得2011年度国家科技进步二等奖。与此同时，连花清瘟还多次获评“北京晚报读者推荐家庭常备感冒药”，得到了消费者的认可。