连花清瘟胶囊的功效是清瘟解毒、宣肺泄热，可治疗感冒、流感引发的发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛等症状。
连花清瘟胶囊的组方汇聚了清代的《银翘散》、汉代的《麻杏石甘汤》以及明代《温疫论》中治疫病用大黄的治疗经验，配伍广藿香芳香化湿护脾胃、红景天提高免疫固正气。整体来看，连花清瘟组方兼顾祛邪与扶正，针对发热、咳嗽、咽痛、乏力、肌肉酸痛等这样一个外感热病症候群均有良好的治疗效果。
刊登于《临床合理用药》2023年第16卷第25期的临床研究结果表明，连花清瘟胶囊具有良好的免疫调节、退热消炎、抑菌、抗病毒的效果，治疗感冒、流感等急性上呼吸道感染疗效较好，能够促进患者症状缓解，且用药安全性高。
在《中国中药杂志》2017年第42卷第8期发表的《连花清瘟胶囊治疗流行性感冒的有效性及安全性的系统评价》研究结果也证实，连花清瘟胶囊治疗流行性感冒具有一定的疗效，能明显缩短头痛、咽痛、乏力、退热的时间。
此外，连花清瘟胶囊自上市以来，先后36次被列入国家卫健委、国家中医药管理局发布的诊疗方案或指南共识，已成为应对甲流、乙流等呼吸道病毒感染性公共卫生事件的代表性药物。