连花清瘟胶囊主要用于治疗普通感冒、流行性感冒、新型冠状病毒感染等，具体适用症状包括发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛等。
连花清瘟胶囊的组方汲取了我国历代名医治疗外感病的用药经验，由连翘、广藿香、大黄、红景天、薄荷脑等13味中药提取制备而成，具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效。整方既有清热解毒、针对病毒发挥积极作用的药物，又有芳香化湿护脾胃、提高免疫固正气的药物，针对多种呼吸道疾病引发的发热、恶寒、肌肉酸痛等“外感病”症候群，都能对症治疗。且用药后一般不会引起嗜睡、困倦。
药效学研究证实，连花清瘟胶囊对甲型流感病毒、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、新型冠状病毒等多种呼吸道病毒，以及金黄色葡萄球菌等致病菌均具有一定抑制作用，具有广谱抗病毒、抑菌抗炎、退热、止咳化痰、调节机体免疫等多种药理作用。
关于临床疗效，在《临床合理用药》2023年第16卷发表的研究表明，连花清瘟胶囊治疗感冒、流感等急性上呼吸道感染疗效较好，可降低机体炎性反应，调节免疫功能，促进患者症状缓解，且用药安全性高。
在治疗新型冠状病毒感染方面，由我国20余家医院共同参与的《连花清瘟治疗新型冠状病毒肺炎前瞻性随机对照多中心临床研究》证实，连花清瘟组可以改善患者发热、乏力、咳嗽等临床症状，缩短症状的持续时间，改善肺部的炎症，提高临床治愈率19%、降低转重症率50%。