连花清瘟胶囊说明书明确表明，该药可用于治疗流行性感冒。乙流属于流行性感冒的一种，典型症状包括发热（常伴寒战）、头痛、全身肌肉酸痛、乏力明显、咳嗽、咽痛等，这些症状均属于连花清瘟胶囊的适用范畴。
连花清瘟胶囊的组方配伍科学，以麻杏石甘汤、银翘散为基础，融合大黄通腑泄热，红景天调节免疫，广藿香芳香化湿、固护脾胃，全方具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效。
药效学研究证实，该药具有广谱抗病毒的作用，对甲型流感病毒、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、金黄色葡萄球菌等多种呼吸道病毒及致病菌有一定抑制作用，同时还具备抗炎、解热、镇咳、调节免疫等多重药理作用。
在治疗效果方面，发表于《中国中药杂志》2017年第42卷第8期的研究结果表明，连花清瘟胶囊流行性感冒具有一定的疗效，且安全性较高，能缩短发热、咳嗽、咽痛、乏力等症状的缓解时间。
此外，连花清瘟胶囊已先后36次被列入《甲型H1N1流感诊疗方案（2009年第3版）》《时行感冒（乙型流感）中医药防治方案（试行）》等防治甲流、乙流等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识，为乙流患者的科学用药提供了参考依据。