连花清瘟胶囊是临床治疗普通感冒、流感的常用中成药之一。流感的临床特点是起病急、症状重，典型表现包括高热、恶寒、全身肌肉酸痛、乏力、头痛、咳嗽、咽痛等，而这些症状均在连花清瘟胶囊的主治范围之内。
连花清瘟胶囊的组方以麻杏石甘汤和银翘散为基础，融合了大黄通腑泄热，红景天调节免疫，广藿香芳香化湿、固护脾胃，整体来看，连花清瘟组方兼顾祛邪与扶正，针对发热、咳嗽、咽痛、乏力、肌肉酸痛等这样一个外感热病症候群，具有良好的治疗效果。药效学研究也显示，该药对包括甲型流感病毒(H1N1、H3N2等)、乙型流感病毒在内的一系列病毒及致病菌具有广谱抑制作用，同时具备解热、抗炎、镇咳、调节免疫等多重药理作用。
刊登于《中国中药杂志》2017年第42卷第8期的研究结果也表明，连花清瘟胶囊流行性感冒具有一定的疗效，能缩短发热、咳嗽、咽痛、乏力等症状的缓解时间，且安全性较高。服用后一般不会出现嗜睡、困倦等不良反应。
值得一提的是，连花清瘟胶囊治疗流感等呼吸道疾病的安全性和有效性已得到业内专家和市场的认可。目前，该药物已先后36次被列入国家流感诊疗方案或指南共识，，成为治疗甲流、乙流等病毒类呼吸系统传染病的代表性中成药。