连花清瘟胶囊主要适用于普通感冒、流行性感冒，可缓解的核心症状包括：发热或高热、怕冷、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、咽干咽痛等。此外，伴随症状如周身乏力、舌红苔黄等也能得到相应改善。
连花清瘟为纯中药制剂，其组方汲取三朝古方而成：一是汉代张仲景的麻杏石甘汤，能宣肺泄热、止咳平喘，应对是发烧、口渴、嗓子疼这些症状；二是清代吴鞠通的银翘散，擅长清瘟解毒、辛凉宣肺，对付的是发热、恶寒、鼻塞、周身疼痛等症状；再加上明代吴又可善用大黄经验，通腑泄肺，先证用药，使毒邪随大便排出，把病势截断在萌芽状态。此外，创新加入了广藿香芳香化浊、祛湿避秽，红景天清肺化瘀、调节免疫，帮助身体在战斗之后更快地恢复元气。
整体来看，连花清瘟胶囊药效温和，针对的是多种呼吸道疾病引发的发热、恶寒、肌肉酸痛等“外感病”症候群，出现相关症状后都能服用该药进行对症治疗。并且，该药安全性较高，服用后一般不会引起嗜睡、犯困。
在《临床合理用药》2023年第16卷发布的研究表明，连花清瘟胶囊具有良好的免疫调节、退热消炎、抑菌、抗病毒的效果，治疗感冒、流感等急性上呼吸道感染疗效较好，能够促进患者症状缓解；发表于《药物评价研究》2024年第47卷第5期的研究结果也显示，连花清瘟胶囊在控制病情进展、改善临床症状、抑制机体炎症反应方面有优势，能够缩短感冒、流感患者的症状改善时间、住院时间、病毒转阴时间等指标。