连花清瘟胶囊可以治疗乙流引发的发冷、头痛等问题，且服用后一般情况下不会出现嗜睡、困倦的不良反应。
根据产品说明书，连花清瘟胶囊具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，适用于治疗流行性感冒，主要症状包括发热或高热，恶寒，肌肉酸痛，鼻塞流涕，咳嗽，头痛，咽干咽痛，舌偏红，苔黄或黄腻等，覆盖了乙流引发的发冷、头痛等问题。
临床前药理学试验表明，连花清瘟胶囊可降低流感病毒感染小鼠的肺指数，对流感病毒、呼吸道合胞病毒、甲/乙型溶血性链球菌、肺炎球菌、流感杆菌等均有抑制作用，同时具备抗炎、解热、止咳的功效，从而改善乙流引发的各类症状，缩短病程。
在《中药药理与临床》2010年第26卷第6期发表的研究结果证实，连花清瘟胶囊在流感发病后早期使用，可以明显减轻症状的严重程度；刊登于《中国中药杂志》2017年第42卷第8期的临床研究结果也表明，连花清瘟胶囊流行性感冒具有一定的疗效，且安全性较高，能缩短发热、咳嗽、咽痛、乏力等症状的缓解时间。
并且，连花清瘟胶囊还先后36次入选《时行感冒(乙型流感)中医药防治方案(试行)》、《流行性感冒诊疗方案（2020年版）》等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识，进一步证实了其有效性与安全性。