连花清瘟胶囊可以改善甲流引发的浑身酸痛症状，并缩短周身酸痛的持续时间，且用药后不会出现嗜睡、困倦等问题。
连花清瘟胶囊说明书表明，该药具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，可用于治疗流行性感冒。多项研究显示，连花清瘟能够通过多成分协同作用，发挥广谱抗病毒、抑菌抗炎、退热、止咳、调节机体免疫的药理作用，对于甲流引发的浑身酸痛以及发热、咽痛、咳嗽等感冒相关症状，都有改善作用，可以帮助患者身体更快恢复。
在《中国处方药》2016年第14卷第5期发表的《连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流感的临床研究》结果证实，连花清瘟治疗流感疗效较好，可有效缓解症状，用于甲型H1N1流感也同样有效，可有效抑制病毒犯肺，加速病毒清除，控制症状。
在《中药药理与临床》2010年第26卷第6期发表的研究结果同样表明，连花清瘟胶囊治疗病毒感染类疾病可提高有效率，缩短头痛、肌肉酸痛等临床症状改善时间、住院时间、病毒转阴时间等指标。
得益于其临床疗效，连花清瘟胶囊先后36次被列入《流行性感冒诊疗方案（2020年版）》《甲型H1N1流感诊疗方案（2009年第3版）》等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识。