连花清瘟胶囊可以治疗普通感冒、流行性感冒引发的发热或高热，恶寒，肌肉酸痛，鼻塞流涕，咳嗽，头痛，咽干咽痛，舌偏红，苔黄或黄腻等一系列不适症状。
连花清瘟胶囊具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，全方十余味药材科学配伍，协同起效，具有广谱抗病毒、抑菌抗炎、退热、止咳、调节机体免疫等多种药理作用。基础研究也表明，该药对流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒等多种呼吸道病毒，以及金黄色葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌等致病菌均有一定抑制作用。
在治疗效果方面，刊登于《临床合理用药》2023年第16卷第25期的《连花清瘟胶囊治疗急性上呼吸道感染的临床效果评价》结果证实，连花清瘟胶囊治疗感冒、流感等急性上呼吸道感染疗效较好，可降低机体炎性反应，调节免疫功能，促进患者症状缓解，且用药安全性高。并且，连花清瘟为中成药，服用后一般不会出现嗜睡、困倦等情况。
目前，连花清瘟胶囊已先后36次被列入防治甲流、乙流等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识，“中药连花清瘟治疗流行性感冒研究”还曾荣获2011年度国家科技进步二等奖，这进一步肯定了其在感冒、流感方面的治疗效果。