连花清瘟胶囊能够清瘟解毒，宣肺泄热，主要适合普通感冒及流行性感冒的患者服用。这类人群的典型表现是发热或高热、怕冷、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛、舌偏红、苔黄或黄腻。
基础研究证实，连花清瘟胶囊对流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒等多种呼吸道病毒，以及金黄色葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌等致病菌均有一定抑制作用。并且，该药物除广谱抗病毒、抑菌抗炎外，还具有退热、止咳、调节机体免疫等多种药理作用。
此外，发表于《中国处方药》2016年第14卷第5期的《连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流感的临床研究》结果显示，连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流感，可增进疗效，缩短病程。该药还可以缩短流感病毒核酸转阴时间，在减轻疾病严重程度及症状缓解（包括发热、咳嗽、咽痛、乏力）时间上，均表现良好。并且，连花清瘟安全性较高，服用后一般不会出现嗜睡、困倦等不适症状。
目前，连花清瘟胶囊已先后36次被列入防治甲流、乙流等呼吸系统传染病的专家诊疗方案或指南共识，为患者科学用药提供了专业指导。