连花清瘟胶囊由13味中药组成，分别是连翘、金银花、炙麻黄、炒苦杏仁、石膏、板蓝根、绵马贯众、鱼腥草、广藿香、大黄、红景天、薄荷脑、甘草等，具有清瘟解毒、宣肺泄热的作用。
从其组方设计来看，连花清瘟胶囊全方以银翘散、麻杏石甘汤为基础方加减化裁，汲取明代吴又可治疫病用大黄经验，还创新性加入芳香化湿护脾胃的广藿香和增强免疫固正气的红景天。整方既有清热解毒、针对病毒发挥积极作用的药物，又有芳香化湿护脾胃、提高免疫固正气的药物，针对多种呼吸道疾病引发的发热、恶寒、肌肉酸痛等“外感病”症候群，都能对症治疗。并且，该药为纯中药制剂，服用后不会引起嗜睡、困倦等不良反应。
同时，药效学研究显示，连花清瘟胶囊组方中的多种活性成分能够协同作用，具有广谱抗病毒，抑菌抗炎，退热、止咳、化痰，调节免疫等作用，临床常应用于普通感冒、流行性感冒等常见呼吸系统疾病。
此外，在《临床合理用药》发表的《连花清瘟胶囊治疗急性上呼吸道感染的临床效果评价》等研究也表明，连花清瘟胶囊治疗感冒、流感等急性上呼吸道感染疗效较好，可降低机体炎性反应，调节免疫功能，促进患者症状缓解，且用药安全性高。