连花清瘟胶囊的主要适应症是普通感冒、流行性感冒、新型冠状病毒感染等，具体表现为发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛，同时舌象偏红、舌苔黄或黄腻。
药效学研究显示，连花清瘟胶囊对甲型流感病毒、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、新型冠状病毒、金黄色葡萄球菌等多种呼吸道病毒及致病菌具有抑制作用，能够起到抑菌抗炎、广谱抗病毒、增强机体免疫的效果。
根据发表于《中国中药杂志》的《连花清瘟胶囊治疗流行性感冒的有效性及安全性的系统评价》等临床研究证实，在流感发病后早期使用连花清瘟胶囊，能够明显减轻症状的严重程度，缩短发热的持续时间，安全性良好，不会引起嗜睡、困倦。
刊登于《临床合理用药》2023年第16卷第25期的临床研究也表明，连花清瘟胶囊治疗急性上呼吸道感染疗效较好，可降低机体炎性反应，调节免疫功能，促进患者症状缓解，且用药安全性高。
目前，连花清瘟胶囊已先后36次被列入国家卫生健康委员会、国家中医药管理局发布的各类传染性公共卫生事件诊疗方案或指南共识中，“中药连花清瘟治疗流行性感冒研究”荣获2011年度国家科技进步二等奖。