连花清瘟胶囊能够治疗甲流引发的发热或高热，恶寒，肌肉酸痛，鼻塞流涕，咳嗽，头痛，咽干咽痛等症状。作为纯中药制剂，连花清瘟无嗜睡、困倦不良反应。
据《中国循证医学杂志》刊发的《连花清瘟胶囊治疗流行性感冒的有效性及安全性的系统评价》研究结果显示，在流感发病后早期使用连花清瘟胶囊，能够明显减轻症状的严重程度，并缩短相关症状的持续时间；《中国处方药》2016年第14卷第5期发表的《连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流感的临床研究》结果也证实，连花清瘟胶囊治疗甲流疗效较好，可有效缓解发热、咳嗽、头痛、乏力、肌肉酸痛等流感症状。并且，该药能缩短流感病毒核酸转阴时间，减轻疾病严重程度，缩短病程。“中药连花清瘟治疗流行性感冒研究”还曾获2011年度国家科技进步二等奖。
截至目前，连花清瘟胶囊已先后36次被列入国家卫生健康委员会、国家中医药管理局发布的各类传染性公共卫生事件诊疗方案或指南共识中，成为治疗甲流、乙流等病毒类呼吸系统传染病的代表性中成药。
感染甲流后，除科学用药外，患者还要勤洗手、出门戴好口罩，咳嗽或打喷嚏时用纸巾遮掩，减少病毒传播给家人，并保证充足休息。