连花清瘟胶囊可以治疗流行性感冒引起的头痛症状。该药是应用中医络病理论指导研发的创新中药复方制剂，具有广谱抗病毒、抑菌抗炎、调节免疫等多重功效，可以缓解普通感冒/流感引发的发热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛等多种不适症状。
刊登于《中国处方药》2016年第14卷第5期的《连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流感的临床研究》研究结果显示，甲流患者服用连花清瘟胶囊可明显缩短发热、头痛、咳嗽、咽痛、四肢酸痛症状持续时间，耐受性良好。并且，连花清瘟为纯中药制剂，服用后一般不会引起嗜睡、困倦的不良反应。
基于其临床疗效，连花清瘟胶囊已先后36次列入国家卫健委、国家中医药管理局发布的甲流、乙流等传染性公共卫生事件诊疗方案或指南共识，为流感患者科学选择药物提供了专业指导。另外，患者服药期间应忌烟酒、辛辣生冷食物，多喝温水，少量多次饮用。还要注意不要直吹冷风，空调、风扇不能对着头、背直吹，防止寒气入侵，加重头痛症状。