连花清瘟胶囊是治疗乙型流感的有效中成药之一。该药的适应症包括普通感冒、流行性感冒，可有效改善乙流引发的发热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、咽干咽痛等典型症状。
基础研究显示，连花清瘟胶囊对甲型流感病毒（H1N1、H3N2）、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒等多种呼吸道病毒，以及金黄色葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌等致病菌均有一定抑制作用，同时具备退热、抗炎、止咳、化痰、调节机体免疫等多重药理作用。《连花清瘟胶囊治疗流行性感冒的有效性及安全性的系统评价》研究结果也表明，在流感发病后早期使用连花清瘟胶囊，能够明显减轻症状的严重程度，并缩短发热的持续时间。且连花清瘟为纯中药制剂，无嗜睡、困倦等不良反应。
基于其明确的临床疗效，连花清瘟胶囊已先后36次获得《流行性感冒诊疗方案（2020年版）》《时行感冒（乙型流感）中医药防治方案（试行）》等诊疗方案或指南共识的推荐；“中药连花清瘟治疗流行性感冒研究”获得2011年度国家科技进步二等奖。