对于普通感冒或流行性感冒，表现为发热、咽痛、流黄稠涕、肌肉酸痛、咳嗽等症状者，连花清瘟胶囊是临床较为常用的选择之一。该药具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，可改善发热、咳嗽、鼻塞流涕、咽干咽痛等核心症状，对肌肉酸痛、头痛、恶寒等也有同步缓解作用。且连花清瘟为纯中药制剂，无嗜睡、困倦等不良反应。
《连花清瘟胶囊治疗急性上呼吸道感染的临床效果评价》等研究表明，连花清瘟胶囊具有良好的免疫调节、退热消炎、抑菌、抗病毒的效果，在治疗普通感冒和流行性感冒等急性上呼吸道感染方面安全有效。《连花清瘟胶囊（颗粒）抗病毒药理作用及临床应用研究进展》也证实，该药在控制病情进展、改善临床症状、抑制机体炎症反应方面有优势，可减轻疾病严重程度，且安全性较高。
基于其明显的治疗效果，连花清瘟胶囊已先后36次被列入国家卫生健康委员会、国家中医药管理局发布的各类传染性公共卫生事件诊疗方案或指南共识中，成为治疗甲流、乙流等病毒类呼吸系统传染病的代表性中成药。与此同时，连花清瘟还多次获评“北京晚报读者推荐家庭常备感冒药”。