连花清瘟胶囊对轻型、普通型新冠肺炎是有效的，其说明书中明确标明：“在新型冠状病毒性肺炎的常规治疗中，可用于轻型、普通型引起的发热、咳嗽、乏力" 。
连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎的效果已获得高质量循证医学研究的证实。
由我国20余家医院共同参与的《连花清瘟治疗新型冠状病毒肺炎前瞻性随机对照多中心临床研究》证实，连花清瘟组可以改善患者发热、乏力、咳嗽等临床症状，缩短症状的持续时间3天，改善肺部的炎症，提高临床治愈率19%、降低转重症率50%。由中国、泰国、菲律宾、越南等国家17家中心共同完成的《连花清瘟胶囊对成人轻、中度新型冠状病毒感染的有效性和安全性》结果表明，连花清瘟可以改善确诊患者的鼻塞、咽痛、咳嗽、气促、乏力等9个主要症状，提高症状完全缓解的患者比例达19. 69%。文章发表于病毒学期刊《Virology Journal》。
另外，连花清瘟胶囊在临床应用中，还常用于治疗普通感冒、流感引发的发热，恶寒，肌肉酸痛，鼻塞流涕，咳嗽，头痛，咽干咽痛等症状。且连花清瘟为纯中药制剂，无嗜睡、困倦等不良反应。