连花清瘟胶囊对于普通感冒、流行性感冒引发的咳嗽症状有改善作用。该药能够清瘟解毒、宣肺泄热，其适应症明确包含“咳嗽”。
《中药连花清瘟胶囊/颗粒在呼吸系统疾病中的药理研究及临床应用进展》等多项研究结果也表明，该药物具有广谱抗病毒，抑菌抗炎，退热、止咳、化痰，调节免疫等药理作用，临床应用可明显缩短感冒、流感患者咳嗽症状的持续时间，改善肺部炎症，提高疾病治愈率。
从作用机制来看，连花清瘟组方中的炙麻黄、炒苦杏仁，具有宣肺降气、止咳平喘的功效；石膏清解肺热，针对热邪壅肺导致的咳嗽有清肺作用；连翘、金银花、鱼腥草、板蓝根等清热解毒药物，则可加强解毒之力，通过减轻呼吸道炎症反应间接缓解咳嗽；藿香以芳香化湿护脾胃，红景天则能够固护人体正气、增强人体免疫力；其组方含有的薄荷脑成分，还能给咽部带来清凉感，缓解咳嗽引起的咽喉不适。
综合来看，连花清瘟不仅可以有效改善感冒、流感后的咳嗽症状，还能同步改善感冒、流感引起的发热或高热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、头痛、咽干咽痛等症状。且连花清瘟为纯中药制剂，服用后无嗜睡、困倦等不良反应。