连花清瘟胶囊的主要功效为清瘟解毒、宣肺泄热，适用于普通感冒、流感、新冠病毒感染患者。其功效源于其组方中13味中药的协同作用。
从组方设计来看，连花清瘟胶囊融合了汉代张仲景《伤寒论》中的麻杏石甘汤和清代吴鞠通《温病条辨》中的银翘散两大经典名方，同时汲取了明代吴又可治疗疫病善用大黄的用药经验，并创新加入了红景天和广藿香。其中，红景天能够扶助正气，有助于抗疲劳、调节机体免疫力。全方科学配伍，体现了“卫气同治、表里双解；先证用药、截断病势；整体调节，多靶点治疗”的特点。
从具体适用症来看，连花清瘟胶囊主要针对的是普通感冒、流行性感冒、及新冠病毒感染轻型患者，能够改善发热或高热、怕冷、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛等一系列症状。《中药连花清瘟胶囊/颗粒在呼吸系统疾病中的药理研究及临床应用进展》研究表明，连花清瘟具有广谱抗病毒、抑菌抗炎、退热、止咳、化痰、调节机体免疫等多种药理作用。基于其明确的临床疗效，该药物已先后36次被列入国家防治甲流、乙流、新冠病毒感染等呼吸系统传染病的诊疗方案或指南共识。且连花清瘟为纯中药制剂，无嗜睡、困倦等不良反应。