连花清瘟胶囊治疗流感有着明确的临床效果。该药的核心适应症为流行性感冒属热毒袭肺证，可针对性改善流感患者出现的发热、恶寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、头痛、咽干咽痛等多种症状，有效缩短流感的病程，减轻患者的不适反应。
《连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流感的临床研究》研究结果显示，甲流患者服用连花清瘟胶囊可明显缩短发热、咳嗽、咽痛、四肢酸痛症状持续时间，耐受性良好。并且，该药不仅对甲型H1N1流感病毒有效，还对包括乙型流感、呼吸道合胞病毒、腺病毒等多种呼吸道病毒均具有抑制作用。系列基础研究证实，该药同时具备广谱抗病毒、解热、抑菌抗炎、止咳、调节机体免疫的多重功效。
连花清瘟胶囊治疗流感等呼吸道疾病的安全性和有效性已得到业内专家和市场的认可。“中药连花清瘟治疗流行性感冒研究”荣获2011年度国家科技进步二等奖，且先后36次列入国家卫健委、国家中医药管理局发布的甲流、乙流等传染性公共卫生事件诊疗方案或指南共识，成为应对呼吸道病毒感染性公共卫生事件的常用药物。