连花清瘟胶囊针对其适应症范围内的病症，有着明确的治疗效果。
对于患有感冒、流行性感冒的患者，连花清瘟胶囊可有效改善发热、咳嗽、咽痛、鼻塞流涕等核心症状，缩短症状持续时间。
由《连花清瘟胶囊的药品说明书》及《肺疫证治规律探讨与连花清瘟组方新解》证实，连花清瘟胶囊可降低流感病毒感染小鼠的肺指数，对多种呼吸道病毒和致病菌有抑制作用，同时具备解热、抗炎、止咳、调节免疫的功效。并且，连花清瘟胶囊对流感的治疗效果也得到了临床研究的证实，结果显示，该药物对缓解发热、咳嗽、咽痛和乏力有明显作用，可以缩短流感病毒核酸转阴时间，且耐受性良好。
此外，“中药连花清瘟治疗流行性感冒研究”曾获2011年度国家科技进步二等奖；连花清瘟胶囊先后36次被列入防治甲流、乙流等呼吸系统传染病的国家级诊疗方案或指南共识，这也进一步反映了专业领域对该药物疗效的认可。