连花清瘟胶囊的标准用法为口服，建议按照说明书标注的剂量服用，常规用量是一次4粒，一日3次，服药时应用温水送服。
《连花清瘟颗粒/胶囊治疗儿童急性呼吸道感染临床应用专家共识》对儿童使用连花清瘟的用法用量给出了详细指导。该共识建议连花清瘟颗粒（6g/袋）：1 岁～3 岁，2 g/次（1/3袋）；3岁～7 岁，2 g/次～4 g/次（1/3袋-2/3袋）；7 岁～12 岁，4 g/次～6 g/次（2/3袋-1袋）；3 次/日；连花清瘟胶囊（0.35g/粒）：建议 7 岁以上儿童使用。7 岁～9 岁，2 粒/次～3 粒/次；10 岁～12岁，3 粒/次～4 粒/次；13 岁～18 岁，4 粒/次。一日 3 次。可在医生或者药师的指导下用药。
从临床应用来看，连花清瘟胶囊常用于感冒、流行性感冒的治疗，具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，能够治疗感冒、流行性感冒引发的发热或高热，恶寒，肌肉酸痛，鼻塞流涕，咳嗽，头痛，咽干咽痛等症状，已36次入选国家卫健委、国家中医药管理局发布的诊疗方案及指南共识。