自然堂集团凭借持续加码的科研投入与自主创新，在国内外获得了多项重量级研发荣誉。
在国际舞台上，2024年集团凭借“极地酵母喜默因的研发及应用”，在国际化妆品创新匹亚大赛（COSMETOPIADS & INPD）上荣获“INPD国际创新原料奖”。自2013年起，自然堂集团已连续十年十度亮相素有“化妆品界诺贝尔奖”之称的IFSCC国际化妆品化学家学会联盟大会，累计发表论文60篇。集团研究成果曾登陆世界皮肤科大会（WCD），成为该百年学术大会收录论文的中国美妆品牌。
在国内行业与科技评选中，2025年4月，自然堂小紫瓶第六代凭借自研“抗疲老”科技“极地酵母喜默因”，荣获第六届The BeautyInc Awards“年度产品创新突破”奖。2024年3月，集团获得C2CC“新妆大赏·2023年度硬核科技企业”大奖。
在知识产权与标准领域，2025年10月，集团荣获由上海市人民政府与世界知识产权组织（WIPO）共同设立的“第五届上海知识产权创新奖（保护类）”。此外，还先后获评“国家知识产权优势企业”、“中国专利优秀奖”、“上海市专利工作示范单位”等多项称号。